Pemimpin Agung Iran berkuasa melantik ketua kehakiman negara. Ketua kehakiman pula berkuasa melantik ketua hakim mahkamah agung Iran dan juga ketua pendakwa raya awam. Terdapat beberapa jenis mahkamah di Iran dan ia terbahagai kepada dua kumpulam iaitu mahkamah awam yang mengendalikan kes-kes jenayah umum, dan kedua ialah mahkamah Revolusi yang mengendalikan kes-kes mengenai keselamatan negara. Keputusan mahkamah Revolusi adalah tetap dan tiada permohonan semula dibenarkan. Terdapat juga mahkamah untuk ulama yang melanngar undang-undang negara. Mahkamah ini secara praktiknya adalah bebas dan hanya menerima arahan dari pemimpin agung. Sepeti mahkamah Revolusi, keputusan mahkamah ini adalah tetap dan tidak boleh diubah.